В 2052 году мир достиг небывалого уровня процветания благодаря созданию универсального лекарства Хапуна, разработанного известным ученым доктором Скиннером. Однако через три года после появления препарата ученый исчез, а распространяемые им инновации начали демонстрировать неожиданные побочные эффекты, приводящие к глобальному демографическому кризису. Чтобы предотвратить полное вымирание человечества, была создана секретная группа из пяти специализированных агентов. Объединенные общим кодовым названием, команда отправляется в опасное путешествие по развалинам прошлого в поисках Скиннера, надеясь убедить его воссоздать свою разработку или раскрыть тайну её действия. Их успех зависит не только от научных знаний, но и от способности преодолеть собственные внутренние противоречия, поскольку каждый из агентов хранит свои секреты и цели. Пока они стремятся спасти мир, время неумолимо истекает, а тайны, скрытые в прошлом, начинают раскрываться, меняя все, что они считали правдой.

Кобато, столкнувшись с трудностями, связанными с дедуктивным мышлением, решает оставить прошлое позади и вести спокойную, честную жизнь. Вместе с одноклассницей Юки Осанай он мечтает о тихом школьном бытии и совместном поступлении в университет. Но странные события не перестают вторгаться в их планы.

Уставший от непрекращающихся логических головоломок, Кобато жаждет простоты и покоя. Однако судьба упрямо подкидывает всё новые загадки, требующие решения. Сможет ли эта пара, невзирая на обстоятельства, воплотить свою мечту о мирной жизни или же их путь навсегда останется пронизан тайнами и детективными поворотами?